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포스터 발표 : C형 간염바이러스의 Core부위에서 유전자 아형 특이 multiple primer sets를 이용한 새로운 유전자 아형분석의 효율성 = The Efficacy of New Genotyping using Genotype specific-Multiple Primer Sets in the Core Region of Hepatitis C Virus
배경/목적: C형 간염 바이러스(Hepatitis C virus, HCV)의 유전자 아형은 간염의 임상적 경과나 항바이러스 제제의 치료에 대한 반응과 밀접한 관련이 있다. HCV 유전자 유형은 적어도 6개의 주요 유전자형과 이에 속하는 일련의 아형(genotype)을 가지고 있다. 국내에서 발표된 유전자 아형의 비율은 genotype Ib가 60-65%, 2a가 25-35%보여 국내에서는 주로 이들이 주형으로 생각된다. 현재 유전자형을 측정하는 방법으로 Inno-Lipa 등의 몇가지 상업적 kit가 이용되고 있으나 가격이 상당이 비싸 일반 환자에서 적용하기에 제한점이 되어 왔다. 이러한 단점을 보완하기 위해 최근 새롭고 간편한 방법이 개발된 바 있어, 본 연구에서 Ohno 등에 의해 발표된 Core 유전자 영역을 대상으로 한 간단한 유전자 아형의 분석법을 시행하여 기존의 방법과 비교 분석하였다. 대상과 방법: 만성 C형 감염환자 80명을 대상으로 하여 혈액에서 혈청을 분리한 후 바이러스성의 리보 핵산(RNA)을 추출하였다. 분리한 HCV RNA를 주형으로 하여 임의의 소식자를 결합시켜 역전사 한 후 이 cDNA를 주형으로 Core 부위의 유전자를 중합효소 연쇄반응을 통해 일차 증폭하였다. 대표적인 유전자 아형 각각에 해당되는 소식자들(1a, 1b, 2a, 2b, 3a, 3b, 4, 5a, 6a)을 혼합하여 증폭된 Core 부위를 주형으로 하여 다시 중합효소 연쇄반응을 시행하였다. 확인된 유전자 아형 중 환자 20명에 대한 동일한 cDNA 표본을 사용하여 최근까지 사용되어온 Enomoto 등의 방법과 염기서열분석을 통해 비교 분석하였다. 결과: 80명의 환자들을 대상으로 하여 분석한 유전자 아형에서 대표적인 유전자 아형인 1b는 63%, 2a는 35%, 그 외의 유전자 아형이 2%를 보이고 있었다. Enomoto 등의 방법으로 분석한 유전자 아형의 확인은 환자 20명중 10명으로 50%의 효율성을 나타내고 있는데 반해 본 연구에서는 환자 80명중 68명의 유전자 아형이 확인되어 85%의 효율성을 보이고 있었다. 또한 확인된 유전자 아형을 염기서열분석을 통해 비교한 결과 Core 부위의 염기서열과 98%의 정확성을 보여주고 있었다. 결론: Enomoto 등의 방법은 주로 NS5B의 유전자 영역에 해당하는 1a, 1b, 2a 및 2b의 유전자 아형을 위주로 하는 방법이고 시간 및 경제적 부담이 많은데 비해 본 연구에서 시행한 Core 부위에서 유전자 아형의 전체적인 동시 분석이 가능하며 각각의 소식자들에 따라 중합효소연쇄반응을 수회 시행하는 것과 달리 혼합된 소식자들을 사용하기 때문에 실험의 수행시간과 비용을 줄일 수 있다. 이는 유전자 아형분석에서 정확성과 효율성을 높여 임상 연구에 큰 도움을 줄 것이라 사료된다.
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