KCI등재
대용량 DNA 시퀀스 데이타베이스를 위한 효율적인 인덱싱 = Efficient Indexing for Large DNA Sequence Databases
저자
원정임(Jung-Im Won) ; 윤지희(Jee-Hee Yoon) ; 박상현(Sang-Hyun Park) ; 김상욱(Sang-Wook Kim)
발행기관
학술지명
권호사항
발행연도
2004
작성언어
Korean
KDC
569
등재정보
KCI등재
자료형태
학술저널
수록면
650-663(14쪽)
KCI 피인용횟수
0
제공처
소장기관
DNA 시퀀스 검색은 분자 생물학 분야에서 사용되는 매우 중요한 연산이다. DNA 시퀀스 데이타베이스는 매우 큰 용량을 가지므로 DNA 시퀀스 검색의 효율적인 처리를 위해서는 고속 인덱스의 사용이 필수적이다. 본 논문에서는 DNA 시퀀스 검색을 위하여 기존에 제안된 접미어 트리가 가지는 저장 공간, 검색 성능, DBMS와의 통합 등의 문제점들을 지적하고, 이러한 문제점을 해결할 수 있는 새로운 인덱스를 제안한다. 제안된 인덱스는 포인터 없이 트라이를 비트 스트링으로 표현하는 기본 구조와 후처리 시 액세스 되어야 하는 트라이의 단말 노드를 신속하게 찾기 위한 보조 자료 구조로 구성된다. 또한, 제안된 인덱스를 이용하여 DNA 시퀀스 검색을 효과적으로 처리하는 알고리즘을 제시한다. 제안된 기법의 우수성을 검증하기 위하여, 실험을 통한 성능 평가를 수행하였다. 실험 결과에 의하면, 제안된 인덱스는 기존의 접미어 트리와 비교하여 더 작은 저장 공간을 가지고도 13배에서 29배까지의 검색 성능의 개선 효과를 가지는 것으로 나타났다.
더보기In molecular biology, DNA sequence searching is one of the most crucial operations. Since DNA databases contain a huge volume of sequences, a fast indexing mechanism is essential for efficient processing of DNA sequence searches. In this paper, we first identify the problems of the suffix tree in aspects of the storage overhead, search performance, and integration with DBMSs. Then, we propose a new index structure that solves those problems. The proposed index consists of two parts: the primary part represents the trie as bit strings without any pointers, and the secondary part helps fast accesses of the leaf nodes of the trie that need to be accessed for post processing. We also suggest an efficient algorithm based on that index for DNA sequence searching. To verify the superiority of the proposed approach, we conducted a performance evaluation via a series of experiments. The results revealed that the proposed approach, which requires smaller storage space, achieves 13 to 29 times performance improvement over the suffix tree.
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연월일 | 이력구분 | 이력상세 | 등재구분 |
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2014-09-01 | 평가 | 학술지 통합(기타) | |
2013-04-26 | 학술지명변경 | 한글명 : 정보과학회논문지 : 데이타베이스</br>외국어명 : Journal of KIISE : Databases | KCI등재 |
2011-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지(등재유지) | KCI등재 |
2009-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지(등재유지) | KCI등재 |
2007-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지(등재유지) | KCI등재 |
2005-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지(등재유지) | KCI등재 |
2002-01-01 | 평가 | 등재학술지 선정(등재후보2차) | KCI등재 |
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