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RNA Colony Blot Hybridization Method for Enumeration of Culturable Vibrio cholerae and Vibrio mimicus Bacteria
저자
Grim, Christopher J. ; Zo, Young-Gun ; Hasan, Nur A. ; Ali, Afsar ; Chowdhury, Wasimul B. ; Islam, Atiqul ; Rashid, Mohammed H. ; Alam, Munirul ; Morris Jr., J. Glenn ; Huq, Anwar ; Colwell, Rita R.
발행기관
학술지명
권호사항
발행연도
2009
작성언어
-등재정보
SCI,SCIE,SCOPUS
자료형태
학술저널
수록면
5439-5444(6쪽)
제공처
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<B>ABSTRACT</B><P>A species-specific RNA colony blot hybridization protocol was developed for enumeration of culturable <I>Vibrio cholerae</I> and <I>Vibrio mimicus</I> bacteria in environmental water samples. Bacterial colonies on selective or nonselective plates were lysed by sodium dodecyl sulfate, and the lysates were immobilized on nylon membranes. A fluorescently labeled oligonucleotide probe targeting a phylogenetic signature sequence of 16S rRNA of <I>V. cholerae</I> and <I>V. mimicus</I> was hybridized to rRNA molecules immobilized on the nylon colony lift blots. The protocol produced strong positive signals for all colonies of the 15 diverse <I>V. cholerae</I>-<I>V. mimicus</I> strains tested, indicating 100% sensitivity of the probe for the targeted species. For visible colonies of 10 nontarget species, the specificity of the probe was calculated to be 90% because of a weak positive signal produced by <I>Grimontia</I> (<I>Vibrio</I>) <I>hollisae</I>, a marine bacterium. When both the sensitivity and specificity of the assay were evaluated using lake water samples amended with a bioluminescent <I>V. cholerae</I> strain, no false-negative or false-positive results were found, indicating 100% sensitivity and specificity for culturable bacterial populations in freshwater samples when <I>G. hollisae</I> was not present. When the protocol was applied to laboratory microcosms containing <I>V. cholerae</I> attached to live copepods, copepods were found to carry approximately 10,000 to 50,000 CFU of <I>V. cholerae</I> per copepod. The protocol was also used to analyze pond water samples collected in an area of cholera endemicity in Bangladesh over a 9-month period. Water samples collected from six ponds demonstrated a peak in abundance of total culturable <I>V. cholerae</I> bacteria 1 to 2 months prior to observed increases in pathogenic <I>V. cholerae</I> and in clinical cases recorded by the area health clinic. The method provides a highly specific and sensitive tool for monitoring the dynamics of <I>V. cholerae</I> in the environment. The RNA blot hybridization protocol can also be applied to detection of other gram-negative bacteria for taxon-specific enumeration.</P>
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