KCI등재
SCOPUS
SCIE
A three-dimensional model of the U1 small nuclear ribonucleoprotein particle
저자
Jason A. SOMARELLI (Florida International University) ; Annia MESA (Florida International University) ; Ambrish ROY (University of Kansas) ; Yang ZHANG (University of Kansas) ; Rene J. HERRERA (Florida International University)
발행기관
학술지명
권호사항
발행연도
2010
작성언어
English
주제어
등재정보
KCI등재,SCOPUS,SCIE
자료형태
학술저널
수록면
104-112(9쪽)
KCI 피인용횟수
0
제공처
Most of the pre-mRNAs in the eukaryotic cell are comprised of protein-coding exons and non-protein-coding introns. The introns are removed and the exons are ligated together, or spliced, by a large, macromolecular complex known as the spliceosome. This RNA-protein assembly is made up of five uridine-rich small nuclear RNAs (U1-, U2-, U4-, U5- and U6-snRNA) as well over 300 proteins, which form small nuclear ribonucleoprotein particles (snRNPs). Initial recognition of the 5' exon/intron splice site is mediated by the U1 snRNP, which is composed of the U1 snRNA as well as at least ten proteins.
By combining structural informatics tools with the available biochemical and crystallographic data, we attempted to simulate a complete, three dimensional U1 snRNP from the silk moth, Bombyx mori. Comparison of our model with empirically derived crystal structures and electron micrographs pinpoints both the strengths and weaknesses in the in silico determination of macromolecular complexes. One of the most striking differences between our model and experimentally generated structures is in the positioning of the U1 snRNA stem-loops. This highlights the continuing difficulties in generating reliable, complex RNA structures; however, three-dimensional modeling of individual protein subunits by threading provided models of biological significance and the use of both automated and manual docking strategies generated a complex that closely reflects the assembly found in nature. Yet, without utilizing experimentally-derived contacts to select the most likely docking scenario, ab initio docking would fall short of providing a reliable model. Our work shows that the combination of experimental data with structural informatics tools can result in generation of near-native macromolecular complexes.
분석정보
연월일 | 이력구분 | 이력상세 | 등재구분 |
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2023 | 평가예정 | 해외DB학술지평가 신청대상 (해외등재 학술지 평가) | |
2020-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (해외등재 학술지 평가) | KCI등재 |
2010-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2008-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2006-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2005-09-30 | 학술지등록 | 한글명 : Entomological Research외국어명 : Entomological Research | KCI등재 |
2003-01-01 | 평가 | 등재학술지 선정 (등재후보2차) | KCI등재 |
2002-01-01 | 평가 | 등재후보 1차 PASS (등재후보1차) | KCI후보 |
2001-01-01 | 평가 | 등재후보학술지 선정 (신규평가) | KCI후보 |
기준연도 | WOS-KCI 통합IF(2년) | KCIF(2년) | KCIF(3년) |
---|---|---|---|
2016 | 0 | 0 | 0 |
KCIF(4년) | KCIF(5년) | 중심성지수(3년) | 즉시성지수 |
0 | 0 | 0 | 0 |
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