KCI등재
Computational approaches for prediction of protein-protein interaction between Foot-and-mouth disease virus and Sus scrofa based on RNA-Seq
저자
박탐이나 (한국화학연구원부설 안전성평가연구소) ; Myung-gyun Kang (Korea Institute of Toxicology) ; Jinju Nah (Animal and Plant Quarantine Agency, Gimcheon) ; Soyoon Ryoo (Animal and Plant Quarantine Agency, Gimcheon) ; Sunghwan Wee (Animal and Plant Quarantine Agency, Gimcheon) ; 백승화 (한국화학연구원부설 안전성평가연구소) ; Bokkyung Ku (Animal and Plant Quarantine Agency, Gimcheon) ; Yeonsu Oh (Kangwon National University) ; Ho-Seong Cho (Chonbuk National University) ; 박대의 (Korea Institute of Toxicology) 연구자관계분석
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2019
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English
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KCI등재
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학술저널
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73-83(11쪽)
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Foot-and-Mouth Disease (FMD) is a highly contagious trans-boundary viral disease caused by FMD vi-rus, which causes huge economic losses. FMDV infects cloven hoofed (two-toed) mammals such as cat-tle, sheep, goats, pigs and various wildlife species. To control the FMDV, it is necessary to understand the life cycle and the pathogenesis of FMDV in host. Especially, the protein-protein interaction between FMDV and host will help to understand the survival cycle of viruses in host cell and establish new therapeutic strategies. However, the computational approach for protein-protein interaction between FMDV and pig hosts have not been applied to studies of the onset mechanism of FMDV. In the present work, we have performed the prediction of the pig’s proteins which interact with FMDV based on RNA-Seq data, protein sequence, and structure information. After identifying the virus-host interaction, we looked for meaningful pathways and anticipated changes in the host caused by infection with FMDV. A total of 78 proteins of pig were predicted as interacting with FMDV. The 156 interactions include 94 interactions predicted by sequence-based method and the 62 interactions predicted by struc-ture-based method using domain information. The protein interaction network contained integrin as well as STYK1, VTCN1, IDO1, CDH3, SLA-DQB1, FER, and FGFR2 which were related to the up-regu-lation of inflammation and the down-regulation of cell adhesion and host defense systems such as mac-rophage and leukocytes. These results provide clues to the knowledge and mechanism of how FMDV affects the host cell.
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연월일 | 이력구분 | 이력상세 | 등재구분 |
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2026 | 평가예정 | 재인증평가 신청대상 (재인증) | |
2020-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (재인증) | KCI등재 |
2017-09-06 | 학회명변경 | 한글명 : 한국가축위생학회 -> 한국동물위생학회 | KCI등재 |
2017-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (계속평가) | KCI등재 |
2013-01-01 | 평가 | 등재 1차 FAIL (등재유지) | KCI등재 |
2010-01-01 | 평가 | 등재학술지 선정 (등재후보2차) | KCI등재 |
2009-01-01 | 평가 | 등재후보 1차 PASS (등재후보1차) | KCI후보 |
2008-01-01 | 평가 | 등재후보 1차 FAIL (등재후보1차) | KCI후보 |
2006-01-01 | 평가 | 등재후보학술지 선정 (신규평가) | KCI후보 |
기준연도 | WOS-KCI 통합IF(2년) | KCIF(2년) | KCIF(3년) |
---|---|---|---|
2016 | 0.2 | 0.2 | 0.22 |
KCIF(4년) | KCIF(5년) | 중심성지수(3년) | 즉시성지수 |
0.23 | 0.24 | 0.315 | 0 |
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