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SCOPUS
SCIE
Bioinformatic and integrated analysis identifies an lncRNA–miRNA–mRNA interaction mechanism in gastric adenocarcinoma
저자
Yong Liao (Xingtai People’s Hospital of Hebei Medical University) ; Wen Cao (The Second Hospital of Hebei Medical University) ; Kunpeng Zhang (Xingtai People’s Hospital of Hebei Medical University) ; Yang Zhou (Xingtai People’s Hospital of Hebei Medical University) ; Xin Xu (Xingtai People’s Hospital of Hebei Medical University) ; Xiaoling Zhao (Xingtai People’s Hospital of Hebei Medical University) ; Xu Yang (Xingtai People’s Hospital of Hebei Medical University) ; Jitao Wang (Xingtai People’s Hospital of Hebei Medical University) ; Shouwen Zhao (Xingtai People’s Hospital of Hebei Medical University) ; Shiyu Zhang (Xingtai People’s Hospital of Hebei Medical University) ; Longfei Yang (Xingtai People’s Hospital of Hebei Medical University) ; Dengxiang Liu (Xingtai People’s Hospital of Hebei Medical University) ; Yanpeng Tian (The Second Hospital of Hebei Medical University) ; Weizhong Wu (The First Hospital of Hebei Medical University)
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2021
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English
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KCI등재,SCOPUS,SCIE
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학술저널
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613-622(10쪽)
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Background lncRNAs–miRNAs–mRNAs networks play an important role in Gastric adenocarcinoma (GA). Identifcation of these networks provide new insight into the role of these RNAs in gastric cancer.
Objectives Biological information databases were screened to characterize and examine the regulatory networks and to further investigate the potential prognostic relationship this regulation has in GA.
Methods By mining The Cancer Genome Atlas (TCGA) database, we gathered information on GA-related lncRNAs, miRNAs, and mRNAs. We identifed diferentially expressed (DE) lncRNAs, miRNAs, and mRNAs using R software. The lncRNA–miRNA–mRNA interaction network was constructed and subsequent survival examination was performed. Representative genes were selected out using The Biological Networks Gene Ontology plug-in tool on Cytoscape. Additional analysis of Gene Ontology (GO) and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) terms were used to screen representative genes for functional enrichment. Reverse transcription quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR) were used to identify the expression of fve candidate diferential expressed RNAs.
Results Information of samples from 375 cases of gastric cancer and 32 healthy cases (normal tissues) were downloaded from the TCGA database. A total of 1632 DE-mRNAs, 1008 DE-lncRNAs and 104 DE-miRNAs were identifed and screened.
Among them, 65 DE-lncRNAs, 10 DE-miRNAs, and 10 DE-mRNAs form lncRNAs–miRNAs–mRNAs regulatory network.
Additionally, 10 lncRNAs and 2 mRNAs were associated with the prognosis of GA. Multivariable COX analysis revealed that AC018781.1 and VCAN-AS1 were independent risk factors for GA. GO functional enrichment analysis found DE-mRNA was signifcantly enriched TERM (P<0.05). The KEGG signal regulatory network analysis found 11 signifcantly enrichment networks, the most prevailing was for the AGE-RAGE signaling pathway associated with Diabetic complications. Results of RT-qPCR was consistent with the in silico results.
Conclusions The results of the present study represent a view of GA from a analysis of lncRNA, miRNA and mRNA. The network of lncRNA–miRNA–mRNA interactions revealed here may potentially further experimental studies and may help biomarker development for GA.
분석정보
연월일 | 이력구분 | 이력상세 | 등재구분 |
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2023 | 평가예정 | 해외DB학술지평가 신청대상 (해외등재 학술지 평가) | |
2020-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (해외등재 학술지 평가) | KCI등재 |
2015-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2012-05-07 | 학술지명변경 | 한글명 : 한국유전학회지 -> Genes & Genomics | KCI등재 |
2011-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2009-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2008-04-14 | 학술지명변경 | 외국어명 : Korean Journal of Genetics -> Genes and Genomics | KCI등재 |
2007-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2004-01-01 | 평가 | 등재학술지 선정 (등재후보2차) | KCI등재 |
2003-01-01 | 평가 | 등재후보 1차 PASS (등재후보1차) | KCI후보 |
2002-01-01 | 평가 | 등재후보학술지 유지 (등재후보1차) | KCI후보 |
1999-07-01 | 평가 | 등재후보학술지 선정 (신규평가) | KCI후보 |
기준연도 | WOS-KCI 통합IF(2년) | KCIF(2년) | KCIF(3년) |
---|---|---|---|
2016 | 0.51 | 0.12 | 0.38 |
KCIF(4년) | KCIF(5년) | 중심성지수(3년) | 즉시성지수 |
0.32 | 0.27 | 0.258 | 0.02 |
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