KCI등재
생물정보 프로그램을 활용한 SETDB1 유전자 프로모터 클로닝
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2014
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Korean
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진핵세포의 유전자 발현은 genomic DNA 부위의 프로모터라고 불리우는 지역에 전사인자와 RNA 중합효소가 자리하면서 시작되는 기작이다. 유전자 내의 프로모터를 동정하는 여러종류의 실험 방법들이 있지만, 많은 시간과 노동력이 요구되어진다. 본 연구에서는 Ensembl, NCBI, CpG plot 등과 같은 생물정보학 관련 프로그램들을 활용하여 SETDB1 유전자의 프로모터를 동정하여 클로닝하고자 하였다. PCR 증폭을 수행한 후 얻은 약 2 kb DNA 조각을 SETDB1-P1이라 명명하였으며, PCR 산물은 TA 벡터로 클로닝 후 확인하였으며, 이를 다시 제한 효소 절단을 통하여 pGL3-luc 벡터로 클로닝하였다. 클로닝된 pGL3-SETDB1-P1-luc 플라스미드를 H1299 폐암세포주에 transfection 시킨 후 여러 가지 항암제를 처리하였을 때, taxol, 5-FU, doxorubicin 처리군에서 SETDB1 프로모터 활성이 감소하는 것을 확인하였다. 이러한 결과는 웨스턴 블롯 및 RT-PCR 실험을 통해 항암제 처리 후 SETDB1 유전자 발현이 조절됨을 확인하였다. 그러므로 bioinformatics 프로그램을 통한 프로모터 동정 및 클로닝 방법을 다른 유전자들에도 적용시킨다면, 유전자 발현 연구에 매우 유용할 것으로 사료된다.
더보기Eukaryotic gene expression is an important process, which is initiated by several transcription factors and RNA polymerases that occupy the promoter region of genomic DNA. Although there are many experiments to identify the promoter region in a gene, it is time and labor consuming to finalize it. In this study, we utilized bioinformatic programs, including Ensembl, NCBI, and CpG plots, to identify the cloning promoter region in SETDB1 genomic DNA. We performed PCR amplification to obtain the SETDB1 promoter on an approximately 2 kb region upstream from the TSS named SETDB1-P1. The PCR product was ligated with TA cloning vectors, and we confirmed the insert size using restriction enzyme digestion. Sequentially, the insert was subcloned into a pGL3-luc vector to produce pGL3-SETDB1- P1-luc and then confirmed by DNA sequencing. We also obtained a fragmented PCR product called P2 and P3 and performed a luciferase assay using pGL3-SETDB1-P1-luc transfection. We found that several anticancer drugs, including taxol, 4-FU, and doxorubicin, decreased the promoter activity of SETDB1. We obtained consistent data on the regulation of SETDB1 gene expression after anticancer drug treatment using Western blot analysis and RT-PCR. Our results suggest that promoter cloning of the human SETDB1 gene utilizing bioinformatics is a very useful and timesaving approach to study gene expression.
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연월일 | 이력구분 | 이력상세 | 등재구분 |
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2027 | 평가예정 | 재인증평가 신청대상 (재인증) | |
2021-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (재인증) | KCI등재 |
2018-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2015-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2011-08-03 | 학술지명변경 | 외국어명 : Korean Journal of Life Science -> Journal of Life Science | KCI등재 |
2011-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2009-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2007-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2004-01-01 | 평가 | 등재학술지 선정 (등재후보2차) | KCI등재 |
2003-01-01 | 평가 | 등재후보 1차 PASS (등재후보1차) | KCI후보 |
2001-07-01 | 평가 | 등재후보학술지 선정 (신규평가) | KCI후보 |
기준연도 | WOS-KCI 통합IF(2년) | KCIF(2년) | KCIF(3년) |
---|---|---|---|
2016 | 0.37 | 0.37 | 0.42 |
KCIF(4년) | KCIF(5년) | 중심성지수(3년) | 즉시성지수 |
0.43 | 0.43 | 0.774 | 0.09 |
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