SCOPUS
SCIE
Target-based drug discovery through inversion of quantitative structure-drug-property relationships and molecular simulation: CA IX-sulphonamide complexes
저자
Ž ; uvela, Petar ; Liu, J. Jay ; Yi, Myunggi ; Pomastowski, Paweł P. ; Sagandykova, Gulyaim ; Belka, Mariusz ; David, Jonathan ; Bą ; czek, Tomasz ; Szafrań ; ski, Krzysztof ; Ż ; ołnowska, Beata ; Sławiń ; ski, Jarosław ; Supuran, Claudiu T. ; Wong, Ming Wah ; Buszewski, Bogusław
발행기관
학술지명
권호사항
발행연도
2018
작성언어
-주제어
등재정보
SCOPUS,SCIE
자료형태
학술저널
수록면
1430-1443(14쪽)
제공처
<P><B>Abstract</B></P><P>In this work, a target-based drug screening method is proposed exploiting the synergy effect of ligand-based and structure-based computer-assisted drug design. The new method provides great flexibility in drug design and drug candidates with considerably lower risk in an efficient manner. As a model system, 45 sulphonamides (33 training, 12 testing ligands) in complex with carbonic anhydrase IX were used for development of quantitative structure-activity-lipophilicity (property)-relationships (QSPRs). For each ligand, nearly 5,000 molecular descriptors were calculated, while lipophilicity (log<I>k</I><SUB>w</SUB>) and inhibitory activity (log<I>K</I><SUB>i</SUB>) were used as drug properties. Genetic algorithm-partial least squares (GA-PLS) provided a QSPR model with high prediction capability employing only seven molecular descriptors. As a proof-of-concept, optimal drug structure was obtained by inverting the model with respect to reference drug properties. 3509 ligands were ranked accordingly. Top 10 ligands were further validated through molecular docking. Large-scale MD simulations were performed to test the stability of structures of selected ligands obtained through docking complemented with biophysical experiments.</P>
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