KCI등재
SCOPUS
SCIE
Complete genome sequence of the Pogostemon cablin bacterial wilt pathogen Ralstonia solanacearum strain SY1
저자
Sun Yunhao (Zhongkai University of Agriculture and Engineering, People’s Republic of China) ; Su Yutong (Zhongkai University of Agriculture and Engineering, People’s Republic of China) ; Hussain Ansar (Zhongkai University of Agriculture and Engineering, People’s Republic of China) ; Xiong Lina (Sun Yat-Sen University, China) ; Li Chunji (Zhongkai University of Agriculture and Engineering, People’s Republic of China) ; Zhang Jie (Zhongkai University of Agriculture and Engineering, People’s Republic of China) ; Meng Zhen (Zhongkai University of Agriculture and Engineering, People’s Republic of China) ; Dong Zhangyong (Zhongkai University of Agriculture and Engineering, People’s Republic of China) ; Yu Guohui (Zhongkai University of Agriculture and Engineering, People’s Republic of China)
발행기관
학술지명
권호사항
발행연도
2023
작성언어
English
주제어
등재정보
KCI등재,SCOPUS,SCIE
자료형태
학술저널
발행기관 URL
수록면
123-134(12쪽)
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Background Ralstonia solanacearum causes bacterial wilt of Pogostemon cablin which is an important aromatic herb and also the main materials of COVID-19 therapeutic traditional drugs. However, we are lacking the information on the genomic sequences of R. solanacearum isolated from P. cablin.
Objective The acquisition and analysis of this whole-genome sequence of the P. cablin bacterial wilt pathogen.
Methods An R. solanacearum strain, named SY1, was isolated from infected P. cablin plants, and the complete genome sequence was sequenced and analyzed.
Results The SY1 strain contains a 3.70-Mb chromosome and a 2.18-Mb megaplasmid, with GC contents of 67.57% and 67.41%, respectively. A total of 3308 predicted genes were located on the chromosome and 1657 genes were located in the megaplasmid. SY1 strain has 273 unique genes compared with five representative R. solanacearum strains, and these genes were enriched in the plant–pathogen interaction pathway. SY1 possessed a higher syntenic relationship with phylotype I strains, and the arsenal of type III effectors predicted in SY1 were also more closely related to those of phylotype I strains. SY1 contained 14 and 5 genomic islands in its chromosome and megaplasmid, respectively, and two prophage sequences in its chromosome. In addition, 215 and 130 genes were annotated as carbohydrate-active enzymes and antibiotic resistance genes, respectively.
Conclusion This is the first genome-scale assembly and annotation for R. solanacearum which isolated from infected P. cablin plants. The arsenal of virulence and antibiotic resistance may as the determinants in SY1 for infection of P. cablin plants.
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