KCI등재
SCOPUS
SCIE
The mitochondrial genome of the Kentish Plover Charadrius alexandrinus (Charadriiformes: Charadriidae) and phylogenetic analysis of Charadrii
저자
Wan Chen (Jiangsu Open University) ; Chenling Zhang (Jiangsu Second Normal University) ; Tao Pan (Anhui University) ; Wei Liu (Nanjing Normal University) ; Kexin Li (Nanjing Normal University) ; Chaochao Hu (Nanjing Normal University) ; Qing Chang (Nanjing Normal University) 연구자관계분석
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학술지명
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2018
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English
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KCI등재,SCOPUS,SCIE
자료형태
학술저널
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955-963(9쪽)
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1
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The suborder Charadrii (Aves: Charadriiformes), one of the most species-rich radiations within shorebirds, which contains good source for studies of ecology, behaviour and evolution. The resources of mitogenome have rapidly accumulated in recent years due to the advanced genomic sequencing, while suborder Charadrii’s mitogenome has not been well studied. The primary objective of this study was to determine the complete mitogenome sequence of Charadrius alexandrinus, and investigated the evolutionary relationship within Charadrii. The mitogenome of C. alexandrinus were generated by amplification of overlapping Polymerase Chain Reaction (PCR) fragments. In this study, we determined the complete mitogenome sequence of the Kentish Plover Charadrius alexandrinus, and comparative analysed 11 species to illustrate mitogenomes structure and investigated their evolutionary relationship within Charadrii. The Charadrii mitogenomes displayed moderate size variation, the mean size was 16,944 bp (SD = 182, n = 11), and most of the size variation due to mutations in the control region (CR).
Nucleotide composition was consistently biased towards AT rich, and the A+T content also varies for each protein-coding genes. The variation in ATP8 and COIII was the highest and lowest respectively. The GC skew was always negative, with the ATP8 had higher value than other regions. The average uncorrected pairwise distances revealed heterogeneity of evolutionary rate for each gene, the COIII, COI and COII have slow evolutionary rate, whereas the gene of ATP8 has the relative fast rate. The highest value of Ks and Ka were ND1 and ATP8, and the ratios of Ka/Ks are lower than 0.27, indicating that they were under purifying selection. Phylogenomic analysis based on the complete mitochondrial genomes strongly supported the monophyly of the suborder Charadrii. This study improves our understanding of mitogenome structure and evolution, and providing further insights into phylogeny and taxonomy in Charadrii. In future, sequencing more mitogenomes from various taxonomic levels will significantly improve our understanding of phylogenetic relationships within Charadrii.
분석정보
연월일 | 이력구분 | 이력상세 | 등재구분 |
---|---|---|---|
2023 | 평가예정 | 해외DB학술지평가 신청대상 (해외등재 학술지 평가) | |
2020-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (해외등재 학술지 평가) | KCI등재 |
2015-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2012-05-07 | 학술지명변경 | 한글명 : 한국유전학회지 -> Genes & Genomics | KCI등재 |
2011-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2009-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2008-04-14 | 학술지명변경 | 외국어명 : Korean Journal of Genetics -> Genes and Genomics | KCI등재 |
2007-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2004-01-01 | 평가 | 등재학술지 선정 (등재후보2차) | KCI등재 |
2003-01-01 | 평가 | 등재후보 1차 PASS (등재후보1차) | KCI후보 |
2002-01-01 | 평가 | 등재후보학술지 유지 (등재후보1차) | KCI후보 |
1999-07-01 | 평가 | 등재후보학술지 선정 (신규평가) | KCI후보 |
기준연도 | WOS-KCI 통합IF(2년) | KCIF(2년) | KCIF(3년) |
---|---|---|---|
2016 | 0.51 | 0.12 | 0.38 |
KCIF(4년) | KCIF(5년) | 중심성지수(3년) | 즉시성지수 |
0.32 | 0.27 | 0.258 | 0.02 |
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