KCI등재
참조 유전체 기반 Y 염색체 어셈블리 향상 연구
저자
김현지(Hyeonji Kim) ; 심미강(Mikang Sim) ; 권기상(Kisang Kwon) ; 위수연(Suyeon Wy) ; 김재범(Jaebum Kim) 연구자관계분석
발행기관
학술지명
정보과학회 컴퓨팅의 실제 논문지(KIISE Transactions on Computing Practices (KTCP))
권호사항
발행연도
2021
작성언어
Korean
주제어
등재정보
KCI등재
자료형태
학술저널
수록면
331-337(7쪽)
KCI 피인용횟수
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제공처
차세대 시퀀싱 기술의 발달로 다양한 종의 방대한 유전체 시퀀싱 데이터를 생산할 수 있게 되었다. 그러나 포유류 Y 염색체에 대해서는 다른 염색체에 비해 고품질의 어셈블리 생산이 느리게 이루어지고 있다. 본 논문은 Y 염색체 어셈블리 품질 향상에 초점을 맞춰, 전장 유전체 시퀀싱 데이터를 참조 유전체에 매핑한 후 Y 염색체에 매핑된 리드(Y-리드) 만을 활용하여 Y 염색체 어셈블리를 수행하는 방법을 고안하였다. 해당 방법론을 특정 돼지 품종과 물영양의 전장 유전체 시퀀싱 데이터에 적용하였으며 Y-리드로 어셈블리를 수행한 경우 사용하지 않았을 때보다 스캐폴드의 총 길이와 참조 유전체 Y 염색체 어셈블리에 정렬된 스캐폴드 총 길이가 두 종 모두에서 증가하였다. 또한, 돼지 품종에서는 동일 종 참조 유전체 데이터를 활용하여 어셈블리 정확성 또한 향상되었음을 확인하였다. 따라서 본 연구에서 고안한 방법은 다양한 포유류의 고품질 Y 염색체 어셈블리 생성에 기여할 수 있을 것이다.
더보기Rapid advances in the next-generation sequencing technologies have enabled the accumulation of sequencing data from various species. However, the generation of high-quality Y chromosome assemblies in mammals has lagged because of the genomic complexity of the Y chromosome. This study focuses on developing a method of improving the quality of Y chromosome assembly, which performs the Y chromosome assembly using only the mapped reads to the Y chromosome (Y-reads) in a reference genome. This method was applied to a specific pig breed and a waterbuck with different types of sequencing data. When the assembly was performed with the Y-reads, the total length of the scaffolds and the total length of the aligned scaffolds to the Y chromosome assembly of the reference genome increased as compared to the result from a traditional approach. In addition. in the case of the pig breed with more types of sequencing data, both the size of the largest scaffold and the total length of high-quality scaffolds increased by about two folds compared to results from the traditional approach. These results clearly show the potential of our method in the production of high-quality Y chromosome assemblies for various mammal species.
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연월일 | 이력구분 | 이력상세 | 등재구분 |
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2022 | 평가예정 | 재인증평가 신청대상 (재인증) | |
2019-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (계속평가) | KCI등재 |
2016-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (계속평가) | KCI등재 |
2015-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2014-09-16 | 학술지명변경 | 한글명 : 정보과학회논문지 : 컴퓨팅의 실제 및 레터 -> 정보과학회 컴퓨팅의 실제 논문지외국어명 : Journal of KIISE : Computing Practices and Letters -> KIISE Transactions on Computing Practices | KCI등재 |
2013-04-26 | 학술지명변경 | 외국어명 : Journal of KISS : Computing Practices and Letters -> Journal of KIISE : Computing Practices and Letters | KCI등재 |
2011-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2009-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2008-10-02 | 학술지명변경 | 한글명 : 정보과학회논문지 : 컴퓨팅의 실제 -> 정보과학회논문지 : 컴퓨팅의 실제 및 레터외국어명 : Journal of KISS : Computing Practices -> Journal of KISS : Computing Practices and Letters | KCI등재 |
2007-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2005-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2002-01-01 | 평가 | 등재학술지 선정 (등재후보2차) | KCI등재 |
기준연도 | WOS-KCI 통합IF(2년) | KCIF(2년) | KCIF(3년) |
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2016 | 0.29 | 0.29 | 0.27 |
KCIF(4년) | KCIF(5년) | 중심성지수(3년) | 즉시성지수 |
0.24 | 0.21 | 0.503 | 0.04 |
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