KCI등재
효율적인 적합도 계산을 통한 PEATH의 수행 시간 개선
저자
발행기관
학술지명
한국차세대컴퓨팅학회 논문지(The Journal of Korean Institute of Next Generation Computing)
권호사항
발행연도
2020
작성언어
Korean
주제어
등재정보
KCI등재
자료형태
학술저널
수록면
49-57(9쪽)
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제공처
하플로타입 페이징은 입력으로 주어진 SNP 매트릭스로부터 하플로타입을 결정하는 문제로, 본 논문에서 다루는 PEATH를 포함하여 최근까지도 다양한 하플로타입 페이징 방법들이 제시되고 있다. PEATH는 유전 알고리즘과 토글링(toggling)이라 불리는 휴리스틱을 이용한 하플로타입 페이징 알고리즘으로 많은 계산을 필요로 한다. 본 논 문에서는 PEATH의 수행 시간을 단축시키기 위한 효율적인 구현 방법을 제시하고 실험을 통해 성능을 분석한다. PEATH의 토글링 단계에서는 많은 적합도 계산이 필요한데, 본 연구에서는 계산되는 적합도의 관계를 분석하여, 이전의 계산 결과를 이용하여 적합도를 효율적으로 계산하는 방법을 제안한다. 실험 결과, 제안하는 구현 방법은 PEATH의 수행 시간을 약 12배 개선시켰다.
더보기Haplotype phasing is a problem of, given an SNP matrix as an input, determining its haplotype. Diverse haplotype phasing methods have been proposed. The PEATH is a haplotype phasing algorithm using genetic algorithms and toggling heuristic which require a lot of computation. In this paper we propose an efficient implementation of the PEATH for improving the running time and analyze the performance experimentally. The toggling of the PEATH requires a lot of fitness computations. We analyze the relationship between these fitness computations and propose an efficient implementation of the fitness computations which make use of the previous computation results. The experimental results show that the proposed implementation enhances the running time of the PEATH by about 12 times.
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연월일 | 이력구분 | 이력상세 | 등재구분 |
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2021-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (재인증) | KCI등재 |
2018-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2015-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2011-01-01 | 평가 | 등재학술지 선정 (등재후보2차) | KCI등재 |
2010-01-01 | 평가 | 등재후보 1차 PASS (등재후보1차) | KCI후보 |
2008-01-01 | 평가 | 등재후보학술지 선정 (신규평가) | KCI후보 |
기준연도 | WOS-KCI 통합IF(2년) | KCIF(2년) | KCIF(3년) |
---|---|---|---|
2016 | 0.68 | 0.68 | 0.62 |
KCIF(4년) | KCIF(5년) | 중심성지수(3년) | 즉시성지수 |
0.56 | 0.51 | 0.557 | 0.26 |
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