SCOPUS
SCIE
DNA methylation-based age prediction from saliva: High age predictability by combination of 7 CpG markers
저자
Hong, Sae Rom ; Jung, Sang-Eun ; Lee, Eun Hee ; Shin, Kyoung-Jin ; Yang, Woo Ick ; Lee, Hwan Young
발행기관
학술지명
권호사항
발행연도
2017
작성언어
-주제어
등재정보
SCOPUS,SCIE
자료형태
학술저널
수록면
118-125(8쪽)
제공처
<P><B>Abstract</B></P> <P>DNA methylation is currently one of the most promising age-predictive biomarkers. Many studies have reported DNA methylation-based age predictive models, but most of these are based on DNA methylation patterns from blood. Only a few studies have examined age-predictive DNA patterns in saliva, which is one of the most frequently-encountered body fluids at crime scenes. In this study, we generated genome-wide DNA methylation profiles of saliva from 54 individuals and identified CpG markers that showed a high correlation between methylation and age. Because the age-associated marker candidates from saliva differed from those of blood, we investigated DNA methylation patterns of 6 age-associated CpG marker candidates (cg00481951, cg19671120, cg14361627, cg08928145, cg12757011, and cg07547549 of the <I>SST, CNGA3, KLF14, TSSK6, TBR1,</I> and <I>SLC12A5</I> genes, respectively) in addition to a cell type-specific CpG marker (cg18384097 of the <I>PTPN7</I> gene) in an independent set of saliva samples obtained from 226 individuals aged 18 to 65 years. Multiplex methylation SNaPshot reactions were used to generate the data. We then generated a linear regression model with age information and the methylation profile from the 113 training samples. The model exhibited a 94.5% correlation between predicted and chronological age with a mean absolute deviation (MAD) from chronological age of 3.13 years. In subsequent validation using 113 test samples, we also observed a high correlation between predicted and chronological age (Spearman’s rho=0.952, MAD from chronological age=3.15years). The model composed of 7 selected CpG sites enabled age prediction in saliva with high accuracy, which will be useful in saliva analysis for investigative leads.</P> <P><B>Highlights</B></P> <P> <UL> <LI> We generated epigenome-wide DNA methylation profiles of 54 saliva samples using Illumina’s HumanMethylation450 BeadChip array. </LI> <LI> DNA methylation at the SST, CNGA3, KLF14, TSSK6, TBR1, and SLC12A5 genes showed a high association with age. </LI> <LI> DNA methylation at 6 age-associated CpGs and a cell type-specific CpG were investigated in 226 saliva samples using methylation SNaPshot. </LI> <LI> A model composed of 7 CpGs exhibited a high correlation between predicted and chronological age with a MAD from chronological age of 3.1 years. </LI> <LI> The developed multiplex methylation SNaPshot assay produced reproducible results with a small amount of DNA (4 ng of bisulfite-converted DNA). </LI> </UL> </P>
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