KCI등재
DNA 시퀀스 데이타베이스를 위한 실용적인 유사 서브 시퀀스 검색 기법 = A Practical Approximate Sub-Sequence Search Method for DNA Sequence Databases
저자
원정임(Jung-Im Won) ; 홍상균(Sang-Kyoon Hong) ; 윤지희(Jee-Hee Yoon) ; 박상현(Sang-Hyun Park) ; 김상욱(Sang-Wook Kim)
발행기관
학술지명
권호사항
발행연도
2007
작성언어
Korean
주제어
KDC
569
등재정보
KCI등재
자료형태
학술저널
수록면
119-132(14쪽)
KCI 피인용횟수
1
제공처
소장기관
유사 서브 시퀀스 검색은 분자 생물학 분야에서 사용되는 매우 중요한 연산이다. 본 논문에서는 대규모 DNA 시퀀스 데이타베이스를 처리 대상으로 하여 효율성과 정확도를 보장하는 실용적인 유사서브 시퀀스 검색 기법을 제안한다. 제안된 기법은 이진 트라이를 인덱스 구조로 채택하여 DNA 시퀀스로부터 추출한 일정 길이의 윈도우 서브 시퀀스를 인덱싱 대상으로 한다. 유사 서브 시퀀스 검색 알고리즘은 기본적으로 다이나믹 프로그래밍 기법에 근거하여 이진 트라이를 루트로부터 너비 우선(breadth-first) 방식으로 운행하며, 경로 상에 존재하는 모든 유사 서브 시퀀스를 검색해 낸다. 그러나 질의 길이가 윈도우의 크기보다 큰 일반적인 경우에는 질의를 일정 길이의 서브 시퀀스로 분해하여 각 서브 시퀀스에 대하여 유사 서브 시퀀스 검색을 수행한 후, 후처리 과정에 의하여 정확도에 손상 없이 이 들 결과를 결합하는 분할 질의 처리 방식을 채택한다. 제안된 기법의 우수성을 검증하기 위하여, 실험을 통한 성능 평가를 수행한다. 실험 결과에 의하면, 제안된 인덱스 기법은 접미어 트리에 비하여 약 40%의 작은 저장 공간을 가지고도 약 4~17배의 검색 성능의 개선 효과를 나타낸다. 또한 분할 질의 처리 방식에 의한 유사 서브시퀀스 검색 알고리즘은 질의 길이가 긴 경우에도 효율적으로 동작하여 Suffix와 Smith-Waterman 알고리즘에 비하여 각각 수배에서 수십배의 검색 성능의 개선 효과를 나타낸다.
더보기In molecular biology, approximate subsequence search is one of the most important operations. In this paper, we propose an accurate and efficient method for approximate subsequence search in large DNA databases. The proposed method basically adopts a binary trie as its primary structure and stores all the window subsequences extracted from a DNA sequence. For approximate subsequence search, it traverses the binary trie in a breadth-first fashion and retrieves all the matched subsequences from the traversed path within the trie by a dynamic programming technique. However, the proposed method stores only window subsequences of the pre-determined length, and thus suffers from large post-processing time in case of long query sequences. To overcome this problem, we divide a query sequence into shorter pieces, perform searching for those subsequences, and then merge their results. To verify the superiority of the proposed method, we conducted performance evaluation via a series of experiments. The results reveal that the proposed method, which requires smaller storage space, achieves 4 to 17 times improvement in performance over the suffix tree based method. Even when the length of a query sequence is large, our method is more than an order of magnitude faster than the suffix tree based method and the Smith-Waterman algorithm.
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연월일 | 이력구분 | 이력상세 | 등재구분 |
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2014-09-01 | 평가 | 학술지 통합(기타) | |
2013-04-26 | 학술지명변경 | 한글명 : 정보과학회논문지 : 데이타베이스</br>외국어명 : Journal of KIISE : Databases | KCI등재 |
2011-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지(등재유지) | KCI등재 |
2009-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지(등재유지) | KCI등재 |
2007-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지(등재유지) | KCI등재 |
2005-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지(등재유지) | KCI등재 |
2002-01-01 | 평가 | 등재학술지 선정(등재후보2차) | KCI등재 |
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